Durch die Donau als alter Handelsweg und durch die Entstehung von Burgen und Adelssitzen - wie Riedl, Rannariedl, Altenhof, Hochhaus und Falkenstein - ist die Gemeinde Neustift i.M. schon früh in die Besiedlungsgeschichte unserer Heimat eingetreten.
Das Gebiet westlich der Ranna war Besitz der Bischöfe von Passau und bis 1765 bayerisches Staatsgebiet.
1268 wurde „Ranarigl“ erstmals als Burg der Falkensteiner erwähnt. Oftmaliger Besitzwechsel, Belagerungen der Burg und Kriege bestimmten das Schicksal durch die Jahrhunderte. Die umliegenden Dörfer wurden bereits im 14. und 15. Jahrhundert genannt, sehr spät erst - 1509 - der Ort „Neustüfft“. Das Gebiet erstreckte sich von Wildenranna bis Waldkirchen und zum Dreisesselberg (heutige Gemeinde Jandelsbrunn (D)).
Die Rannariedler besiedelten das Land, gründeten Dörfer, errichteten 1610 die Reichenauer Glashütten, bauten zur Nutzung der Forste Schwemmkanäle zu Ilz und Mühl, erließen Jagd- und Forstgesetze für Förster und "Raumbreuter" (Häusler mit Nutzungsrechten) und kontrollierten an Mautstellen den Salzhandel nach Böhmen.
Zur Verwaltungsarbeit wurden "Rannariedler Ämbter" errichtet. Auch das Strafrecht wurde von Rannariedl wahrgenommen, da seit 1575 der Burgherr das Recht der Hohen Gerichtsbarkeit hatte. Am Galgen in Dorf konnten Missetäter gehängt werden. Besonders gegen Wilderer und Schmuggler erließ der Passauer Bischof strenge Gesetze. Das Gerichtshäusl in Dorf könnte noch sicher manch schaurige Geschichte erzählen, denn dort hingen noch bis vor kurzem die eisernen Ringe in den Mauern, an die die Häftlinge gekettet waren.
1765 war das bedeutungsvollste Jahr der Geschichte unserer Gemeinde. Kaiserin Maria Theresia und Fürstbischof Kardinal Leopold Ernst von Firmian unterzeichneten einen Staatsvertrag, welcher eine neue Westgrenze zwischen Oberösterreich und Bayern festlegte. Der reformbegeisterte Erzbischof wollte das Rannariedler Waldgebiet im Böhmerwald als eines seiner vielen Jagdgebiete erwerben. Mit diesem Vertrag verlor Rannariedl seine Hoheitsgebiete im heutigen Landkreis Freyung (= Gemeinde Jandelsbrunn). Das Land um Rannariedl (= Gemeinde Neustift) kam zu Österreich. Ein wirtschaftlicher Rückschlag für Rannariedl, der nicht verhindert werden konnte, zumal der Bischof damals auch Eigentümer der Burg war.
1783 verwirklichte Kaiser Josef II. seinen Plan, in Linz eine eigene Diözese zu errichten. Die Schlosskapelle von Rannariedl wurde als Pfarrkirche für das neue österreichische Gebiet auserkoren. Im Schloss war nun die Volksschule untergebracht. Die Post, ein Gasthaus, ein Kaufhaus, die Kirche und der Friedhof bildeten ein wirtschaftliches und geistliches Zentrum von Rannariedl. Trotz aller pfarrlichen Strenge gab es viele Menschen, die nicht nach Rannariedl zur Kirche gehen wollten, sondern nach wie vor in die bayerische Mutterkirche Gottsdorf. Deshalb ließ Kaiser Josef II. an der neuen Staatsgrenze sonntags Soldaten aufstellen, um den Kirchgang nach Gottsdorf zu unterbinden. So errichtete mancher Bewohner selbst seine eigene Gebetsstätte, wie die Kapelle am Penzenstein. 1783 entstand daraus die Pfarre Rannariedl und 1784 die Pfarre Oberkappel.
1938 wurden die zwei Gemeinden "Neustift" und "Ranariedl" zu einer Gemeinde mit dem Namen „Rannastift“ zusammengelegt. 1974 wurde „Rannastift“ in den jetzigen Gemeindenamen „Neustift im Mühlkreis“ umbenannt.
Im Jahr 2015 feierte die Gemeinde Neustift im Mühlkreis "250 Jahre Neustift bei Österreich".